舟山市审计局组建于1984年9月。下辖定海、普陀、岱山、嵊泗4个县（区）审计局，内设办公室、组织人事处、综合协调处（市委审计委员会办公室秘书处）、法规处（审计整改督查处）、财政金融审计处、经贸企业审计处、固定资产投资审计处、行政事业审计处、经济责任审计处、直属审计中心和计算机审计中心。
根据《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》《中共浙江省委关于市县机构改革的总体意见》和省委、省政府批准的《舟山市机构改革方案》，市审计局是市政府工作部门，为正处级。市委审计委员会办公室设在市审计局，接受市委审计委员会的直接领导，承担市委审计委员会具体工作，研究提出在全市审计系统坚持党的全面领导、加强党的建设的有关政策建议，组织研究全市审计工作规划、重大政策和改革方案，协调推进和督促落实党中央、中央审计委员会、、省委审计委员会和市委、市委审计委员会决策部署，研究提出年度审计项目计划、年度市级预算执行和其他财政支出情况审计报告及审计结果运用有关事项等。市审计局的内设机构承担市委审计委员会办公室相关工作，接受市委审计委员会办公室的统筹协调。
市审计局贯彻落实党中央和省委、市委关于审计工作的方针政策和决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对审计工作的集中统一领导。主要职责是：
（一）主管全市审计工作。负责对市级财政收支和法律法规规定属于审计监督范围的财务收支的真实、合法和效益进行审计监督，对公共资金、国有资产、国有资源和领导干部履行经济责任情况实行审计全覆盖，对领导干部实行自然资源资产离任（任中）审计，对国家、省和市级有关重大政策措施贯彻落实情况进行跟踪审计。对审计、专项审计调查和核查社会审计机构相关审计报告的结果承担责任，并负有督促被审计单位整改的责任。
（二）拟订或制定有关审计行政管理的规范性文件并组织实施。参与起草财政经济及其相关的规范性文件草案。制定并组织实施专业领域审计工作规划。对直接审计、调查和核查的事项依法进行审计评价，做出审计决定或提出审计建议。
（三）向市委审计委员会提出年度市级预算执行和其他财政支出情况审计报告。向市政府和省审计厅提出年度市级预算执行和其他财政收支情况的审计结果报告。受市政府委托向市人大常委会提出市级预算执行和其他财政收支情况的审计工作报告、审计查出问题整改情况报告。向市委和市政府报告对其他事项的审计和专项审计调查情况及结果。依法向社会公布审计结果。向市纪委市监委和市委、市政府有关部门、县（区）党委和政府通报有关审计情况和审计结果。
（四）直接审计下列事项，出具审计报告，在法定职权范围内做出审计决定，包括:国家、省和市级有关重大政策措施贯彻落实情况；市级预算执行情况和其他财政收支，市（新区）直属各部门预算执行情况、决算和其他财政收支；县（区）人民政府预算执行情况、决算和其他财政收支，市级财政转移支付资金；使用市级财政资金的事业单位和社会团体的财务收支；市级投资和以市级投资为主的建设项目的预算执行情况和决算；市重大公共工程项目的资金管理使用和建设运营情况；自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况；市属国有企业和金融机构、市属国有资本占控股或主导地位的企业和金融机构的境内外资产、负债和损益；市驻外非经营性机构的财务收支；有关社会保障基金、社会捐赠资金及其他基金、资金的财务收支；国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支；法律、法规规定应由市审计局审计的其他事项。
（五）按规定对市管领导干部及依法属于市审计局审计监督对象的其他单位主要负责人实施经济责任审计和自然资源资产离任（任中）审计。
（六）组织对财经法律法规、规章、政策和宏观调控措施执行情况、市级财政预算管理及国有资产管理使用等与市级财政收支有关的特定事项进行专项审计调查。
（七）依法检查审计决定执行情况，督促整改审计查出的问题，依法办理被审计单位提出的行政复议、行政诉讼或市政府裁决中的有关事项，协助配合有关部门查处相关重大案件。
（八）指导和监督内部审计工作，核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。
（九）与县（区）党委和政府共同领导当地审计机关。依法领导和监督县（区）审计机关的业务，组织县（区）审计机关实施特定项目的专项审计或审计调查，纠正或责成纠正县（区）审计机关违反国家规定做出的审计决定。按照干部管理权限协管县（区）审计机关领导班子成员。
（十）参与审计领域的国际交流与合作，指导和推广信息技术在审计领域的应用。
（十一）完成市委、市政府、新区党工委、管委会和省审计厅交办的其他任务。
（十二）职能转变。进一步完善审计管理体制，加强全市审计工作统筹，明晰全市各级审计机关职能定位，理顺内部职责关系，优化审计资源配置，充实加强一线审计力量，构建集中统一、全面覆盖、权威高效的审计监督体系。优化审计工作机制，坚持科技强审，完善业务流程，改进工作方式，加强与相关部门的沟通协调，充分调动内部审计和社会审计力量，增强监督合力。
