职责：负责市本级预算执行和其他财政支出情况，审计县（区）人民政府财政决算；负责审计海洋产业集聚区管委会、普陀山—朱家尖管委会、新城管委会、金塘管委会和六横管委会及下属行政事业单位的预算执行和决算审计；负责市财政局及其下属单位的财政收支、财务收支审计；负责市委审计委员会办公室向市委审计委员会提出的年度市级预算执行和其他财政支出情况的审计报告的起草工作；负责市局向市政府和省审计厅提出年度市级预算执行和其他财政支出情况的审计结果报告的起草工作；负责市局受市政府委托向市人大常委会提出市级预算执行和其他财政支出情况的审计工作报告的起草工作；负责年度市级预算执行和其他财政支出情况审计报告及审计结果运用有关事项；负责市政府金融管理部门的财政收支、财务收支审计；负责市属国有和国有资本占控股或主导地位的金融机构的资产、负债、损益的审计；根据上级授权对国家金融机构和其他金融企业进行审计；负责国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支审计；开展相关审计或专项审计调查；指导下级审计机关的财政、金融等审计业务。完成局党组交办的其他任务。
经贸审计处
职责：负责经济和信息化、国有资产监督管理、安全生产监督管理等部门及其下属单位的财政收支、财务收支审计；负责市商务局、市外办、市侨联、市贸促会等管理部门及其下属单位的财政收支、财务收支；负责海洋产业集聚区管委会、普陀山—朱家尖管委会、新城管委会、金塘管委会和六横管委会下属国有企业的财务收支审计；负责市属国有企业和市级国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益的审计；承担上级授权对部省属在舟山企业的财务收支审计；开展相关审计或专项审计调查；指导下级审计机关的经贸审计业务。完成党组交办的其他任务。
固定资产投资审计处
职责：负责市级政府投资和以市级政府投资为主的建设项目的预算执行和决算审计；负责市政府发展改革、市交通运输和市住房和城乡建设等部门及其下属单位的财政收支、财务收支审计；开展相关审计或专项审计调查；指导下级审计机关的固定资产投资审计业务。完成党组交办的其他任务。
行政事业审计处
职责：负责与市级财政有拨款关系的市人大常委会机关、市政协机关、市法院、市检察院和政党组织、社会团体的财政收支审计；负责除财政金融审计处、经贸审计处、固定资产投资审计处、经济责任审计处和直属审计中心对象以外的新区和市政府有关部门、直属机构及其下属单位的财政财务收支审计；负责文化、教育、科技、新闻出版、广播电影电视管理部门和下属单位的财政收支、财务收支审计；开展相关审计或专项审计调查；指导下级审计机关的行政事业和文教审计业务。完成党组交办的其他任务。
经济责任审计处
职责：承担市经济责任审计联席会议办公室的日常工作，负责协调落实市管领导干部经济责任审计和自然资源资产审计工作以及县（区）市管干部经济责任审计工作；加强与经济责任审计相关的预防职务犯罪工作的指导、监督事项；负责县（区）审计机关负责人审计；负责人力资源和社会保障、民政、卫生、医疗保障、残联、老龄委、红十字会、慈善总会等部门及其下属单位的财政收支、财务收支审计；负责由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的社会保障基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、扶贫开发、优抚安置、社会捐赠资金和住房公积金的管理使用情况审计；审计县（区）人民政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况；开展相关专项审计调查；指导下级审计机关的经济责任和社会保障审计业务。完成党组交办的其他任务。
